Para escribir una virgulilla se usa la combinación AltGr+4. Sin embargo, si queremos añadirle la virgulilla, por ejemplo, a la a (ã) o a la e (õ), como sucede en portugués, no podemos usando esa combinación, ya que inmediatamente aparece solo el símbolo de la virgulilla (~). Existe la opción de pulsar la combinación AltGr+¡, soltar y pulsar a para escribir ã, pero si prefieres hacerlo con la tecla 4, aquí te explico cómo.

Para poder escribir ã y õ debemos modificar el archivo /usr/share/X11/xkb/symbols/es (son necesarios permisos de administrador). En la línea de la tecla 4 debemos cambiar asciitilde por dead_tilde; es decir, cambiar esto...

    key <AE04>  { [         4,     dollar,   asciitilde,       dollar ] };

por esto...

    key <AE04>  { [         4,     dollar,   dead_tilde,       dollar ] };

Una vez guardada la modificación es necesario reiniciar el sistema de entrada del núcleo (udevadm trigger --subsystem-match=input --action=change) o simplemente reiniciar el ordenador para que los cambios tengan efecto.

Ahora se puede pulsar AltGr+4, soltar las teclas y pulsar a para escribir ã. Si solo quieres escribir la virgulilla (~), puedes pulsar AltGt+ñ, dos veces AltGr+4 o AltGr+4 y espacio.